判决后，段振豪和车春兰都提出上诉。段振豪认为，一审判决认定其贪污的数额过高，应扣除近10万元不可报销的公务招待支出、支付给开发网站的学生的劳务费、未经他本人签字确认的30万元虚假票据报销款。在侦查机关介入前，他已向单位纪委部门承认贪污的主要事实，并退还近20万元，具有自首情节。此外，因单位要求对科研经费“零结余”，他才使用虚假发票报销的手段平账，中科院地质与地球所明文规定，课题负责人须在国家有关政策法规或者研究所的规章制度监督下合理支配使用科研经费，而招待费、探亲费、额外支付的劳务费、套现的税费及手续费等项支出均不符合课题科研经费的报销类目，予以扣减于法无据。
终审维持原判
对此，高院在判决书中指出，中科院地质与地球所明文规定，课题负责人须在国家有关政策法规或者研究所的规章制度监督下合理支配使用科研经费，而招待费、探亲费、额外支付的劳务费、套现的税费及手续费等项支出均不符合课题科研经费的报销类目，予以扣减于法无据。
根据段振豪、车春兰的供述及证人证言证实，段振豪指示车春兰经手履行虚假票据的报销手续时，需经段振豪确认同意。现段振豪仅以报销手续上没有本人签字为由否认对钱款的个人占有，缺乏事实依据。
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