高教研究机构面临的突出问题
我国高教研究人员本应在推动高校决策科学化和管理现代化方面发挥重要作用，但大部分本科院校的高教研究机构经常处于“彷徨”之中，没有找准发展的路径，在学校的地位不高，没有发挥应有的作用。
调研中，部分研究人员谈到，高教研究机构“不汤不水，不学术不行政”“没有职能，不接地气”“苟延残喘，生存艰难”，高校似乎认为我们“有了不多，没有也可以”“高教研究发展30年了，一直没有找到一条妥当发展之路，这是我们做高教研究的人应认真考虑的问题”。
高教研究机构名实不符，设置随意分散
问卷调查显示，在高教研究机构的命名方面，机构名称有“高等教育研究”六个字的，占80%以上，如：高等教育研究中心、高等教育研究室、高等教育研究所、高等教育研究院等。高等教育研究的内容广泛，可以进行学术研究、宏观高等教育研究、院校研究等。调查发现，在设立了高教研究机构的514所高校中，在机构职能方面，只有9%的高教研究机构主要从事学术研究；在研究成果方面，只有11%的高教研究机构的研究成果以学术性成果为主。问卷调查表明，大多数高校已着手开展院校研究工作，若将机构名称由高教研究机构改为院校研究机构，不仅名实相符，而且能更好地起到引导作用。
我国高校职能部门设置也比较随意，没有一定的规范。例如，教育部开展本科教学评估，高校设置相应的教学评估机构；教育部强调制定战略规划，高校纷纷设置发展规划处；教育部强调教师发展，高校开始设置教师发展中心。这些机构的设立，不仅职能与院校研究的职能相通，而且使学校办公室、教务处等将职责范围内的事，往这些机构推。大部分高校的高教研究职能在校内比较分散，相关部门之间缺乏协同，没有形成研究的合力。
部分高教研究工作的科学性和有效性较差，研究人员能力水平有限
有研究人员谈道，“高教所设立的初衷是为高校的决策咨询服务的，但中国的高教所往往都走不到这一步，原因是高教所没有具体职能。所以相当于校领导延伸的秘书这么一个角色。”还有研究人员指出，高教研究的工作成果缺乏有效性，“我们中国的高教所，不能完全进入到高校领导要求的决策过程中。”
许多高教研究机构没有形成为高校提供服务的长效机制，工作流程的科学性和规范性有待提高。
问卷调查中谈到高教研究机构发展面临的主要问题时，78%的回答为“研究人员的研究能力有待提高”，另有43%的回答为“研究人员对高校的管理实践不熟悉”。高教研究，既需要研究人员具有比较高的理论水平和研究能力，又需要他们熟悉高校情况、具有一定的实践经验。但从现在实际状况看，高教研究人员大体由即将退休的老同志和刚从高校毕业的研究生组成。
制度和习惯制约了高等教育研究的发展
我国高等教育研究是从开展学术研究、建立学科、培养研究生开始的。与之相适应，逐渐形成了一套学术研究的制度和习惯。例如，衡量高教研究人员水平、晋升职称，主要看课题、论文的数量和水平。院校研究是应用研究，衡量研究人员水平，主要看为高校决策提供咨询的质量以及数据收集、信息发布的水平。这就造成院校研究人员在完成院校研究任务的同时，为了职务晋升，还要撰写学术论文，有的还要担负教学任务，从而使院校研究受到严重影响。问卷调查中，54%的人认为“高校对院校研究人员的评价与考核方式不合理”。
由于行政制度、习惯等多种因素影响，院校研究所需的数据不充分。问卷调查中，41%的研究人员将“无法获得用以研究的高校数据”视为高教研究机构发展面临的困难。从高校内部看，虽然多数高校建立了业务数据库，但数据分散，各自为政；没有对数据进行科学界定，各自理解不一；数据不干净，难以发挥作用；数据保密，不公开，形成信息孤岛。没有建立分析数据库，数据挖掘、在线分析处理、数据汇报等信息处理技术大部分处于空白状态。
长期以来，高校决策属于经验决策的影响根深蒂固。问卷中，46%的人认为“高校领导对高教研究的重视程度不够”。
