彭德怀也没有忘记当年的旧事，他在军委主要领导会上严厉地说：“刘伯承身上有很严重的教条主义，不但影响了南京，就连北京(指训练总监部)也有些吹鼓手，抬轿子的。不要忘了，红军时期，他的教条主义是逼死过革命同志的。”
彭德怀所说的红军时期教条主义逼死过革命同志，其实也是一场误会。长征时，红一、四方面军会师草地后，四方面军主动提出送一些军、师一级的高级将领到刘伯承任总教官的红军学校受训，以接受较高、较新的军事知识。李先念的军事搭档、时任红四方面军三十军军长的余天云，聪敏倔强，作战勇敢，刚刚二十岁便当了军长，深受张国焘器重。他入校后，由于文化太浅，阅历又有限，加之性格刚烈，争强好胜惯了，在好几个战术问题上与刘伯承等教官发生了争执。这类争执若是学术争鸣倒也罢了，但争执后来发展到他公然拔枪威胁、谩骂刘伯承等教官的严重违纪事件。校长何畏是他的老上司，出面制止他仍不服，何畏只得将他关了短期禁闭。谁也没料到，余天云事后想不开，认为他这个四方面军最年轻的军长折了面子，不久，在部队行至大金川激流时跳崖自杀了。对于此事，连一向偏爱余天云的张国焘也认为，余天云如此脆弱的心理和轻率的举动是不足取的。余天云之死，是自食其果，并不是受了军事教条主义的侮辱才愤而自杀的；相反，红军高级干部应自觉遵章守纪，更不可轻生。
几十年后，彭德怀旧事重提，显然是有分量的。所幸毛泽东对此并未多说什么，只淡淡“唔”了一声道：“余天云还是个娃娃嘛，想不开，寻了短见，怪不得谁。”
不久，在彭德怀具体“指挥”下，批判教条主义斗争被推向了高潮。
斗争残酷，两个例子足以说明。一是萧克遭到连续4个多月批斗后，有一天大口吐血。医生端了吐满血的痰盂给有关人员看，那些人竟指责医生“同情反党分子，立场不稳”。二是军事学院训练部部长、红军时期的老干部蔡铁根大校在会上说，共同条令(1953年军内制定颁布，估计当时正作为“教条主义”的“罪证”)是经彭总修改、军委例会通过和毛主席批准的。话音刚落即被当场摘掉领章和帽徽关押起来，后来被逐出军队，发配到边疆劳动改造，根本不容许申辩。这场斗争开了一个建国后无限上纲、无情打击，以莫须有罪名将人打成“反党集团”的坏头。
北京的批斗会开得烈焰蒸腾，斗争完全偏离了方向。正在外地养病的刘伯承心情异常沉重。一年多以前，他对第十五军三十四师师长崔建功说过：“同一孙子兵法，马谡的用法就是教条主义，孔明就不是；庞涓、孙膑同师鬼谷子，可是一个是教条主义，一个不是教条主义；王明和毛主席读的同是马克思、列宁的经典著作，一个是教条主义，一个不是。所以，教条不教条，重点不在先生，而在学生；重点不在学，而在用。”刘伯承这一番话，再次说明反对教条主义的目的，是为了更好地贯彻理论与实际结合的原则，更好地学习马克思主义的理论和外国经验，而不能否定一切，采取“左”的一套做法，采取虚无主义的态度。
不难看出，刘伯承的这番论述是针对当时正在全军开展的反对教条主义运动而言的。
可是，现在他还敢争辩吗？据传，有人曾对毛泽东说：“军队这样搞下去，不是你的，也不是我的了！”更有人说：“蒋介石可是靠黄埔起家的哟！”这些话，对于当时已渐生武断作风，行将迈上神坛的毛泽东而言，不能不在心中引起高度警觉。同样，这些话传到刘伯承的耳里，尽管他痛心疾首，但却决不敢再为自己辩诬解疑了。现在，他不能不重新冷静下来，审慎理智地面对眼前的困境。为了党内团结，为了大局和军队建设需要，也为了已经划线站队的同志少受或不受委屈，他只能选择检讨哪怕是违心的检讨。惟有如此，才会解脱大批同志。刘伯承抱定“退避三舍”的宗旨，以一个老共产党员的党性严格要求自己，在这桩公案中委曲求全，避免了事态的进一步扩大。
接军委指示，刘伯承拖着病体回到北京。回京的头一天，他思绪翻滚，一夜未眠，左眼球红红的。到了北京，他得了青光眼，眼压高达73度，不得不住进协和医院，一面治疗，一面准备检查材料。
对刘伯承是否要在会上作检查的问题，毛泽东曾关照说：“让刘伯承同志好好休息，可以不来参加会议作检讨，表示个态度就可以了。”邓小平也说：“刘伯承同志工作积极认真，对组织是尊重的。他今年己六十六岁了，又有病，不要搞得太紧张。”豪爽、耿直的陈毅，看到刘伯承这个样子，心里难受，赶到医院对刘伯承说：“你写啥子检讨嘛！要写，我替代写，写一百个字就行了。”但深明大义的刘伯承坚持带病出席。
7月10日，中南海怀仁堂座无虚席。鸦雀无声的会场上，笼罩着令人压抑的浓重气氛。
刘伯承被扶到讲台前，宣读自己的检讨。他表示拥护毛主席的指示，感谢同志们的批评。严于律己、严于责己是刘伯承几十年来的一贯作风。这次，在“左”的思潮得势，上面点名批评，下面有人非议的情况下，自然更免不了对自己过分苛责。但台下的人依然能看出，每当说到委屈、违心处，刘伯承即语调哽咽，几不成句。检讨罢了，台下爆发出经久不息的掌声。刘伯承总算过了关。
但刘伯承检讨想保护一批同志的愿望却未实现。事情发展越到后期，斗争越激烈，差点就是殊死以搏的敌我矛盾了。以萧克为例，他在会上声辩了几句，主持会议的黄克诚总长反问道：“你还不服气，再开几次会。”于时，批斗会又接连开了好几次。最后萧克、李达数次检讨都不过关，均被撤职，降职到地方工作。另有大批同志受到党纪政纪处分，降职降级。
一代战神挂印罢官是非功过后人评说
1959年1月19日，刘伯承挂印罢官，携家移居北京。这天，军事学院的许多教官和学员自发到南京下关码头为他送行。刘伯承强撑病体，立于船头，坚决不允许大家送他去浦口车站。一帆远去，刘伯承佝偻着腰，因感激大家相送而久久地挥舞着双手。望着寒风凛冽中倍显孤单的老帅，新任院长廖汉生将军喟然长叹道：“这个老首长，没有少受罪呵！”
刘伯承就此进京闲居，兵戎生涯遂告结束。
1980年秋，邓小平代表中央明确指出：1958年那次反教条主义运动是错误的。徐向前元帅更是一针见血地指出，建国后办了很多军事院校，有很大成绩，但后来吃了两个大亏，一个是反正规化吃了亏，一个是反教条主义吃了亏。
1986年，刘伯承以94岁高龄逝世。中央在悼词中特地指明他在历史上受到了不公正的待遇。1987年，中央军委纪委在“纪”字1987第十五号(令)通报中，为在“反教条主义”运动中遭受了政治迫害的同志全部彻底予以平反。
