方舟子和崔永元算是故人。早在2001年，人在美国的方舟子接到崔永元所在《实话实说》栏目邀请，到北京录制一期关于纳米产品的节目。据方舟子说，由于自己表现"太猛"，这期节目最终未能播出。但在当时，他对崔永元印象不错。
方舟子：我那个时候当然跟他没有什么直接的接触，只是做节目而已，但是对他这个人的印象还不错。
我看青山多妩媚，料崔永元看我应如是。
崔永元：包括学术打假、包括一些人的学历造假，方舟子勇于站出来，不代表什么利益集团，所以那个时候我对他是非常佩服的。
2013年，转基因二字在中国乃至世界掀起轰轰烈烈的全民辩论；2013年，一个生物学名词，一个著名主持人的名字，成为大多数人对方舟子印象的一部分。
大多数人最初知道方舟子，是因为他持之以恒的学术打假。在他看来，自己因"打假"出名，同样因"打假"给家人带来了无尽麻烦。这条毁誉参半的路，贯穿方舟子的一年。
2013年，因指刘菊花（方舟子妻子）硕士论文造假，60岁的中国科学院植物研究所研究员傅德志成为被告。这场始于2011年的风波至今没有平息，有网文言之凿凿"：据分析，刘菊花论文80%为抄袭"，在无数寄望方舟子大义灭亲打假的注视下，他选择为妻子辩护。也正是从这天开始，这位打假者每天都要面对同样的问题：你打假为什么有双重标准？
记者：我想跟您做一个假设，如果她不是您的爱人，把她的学术成果放到您的面前，您能挑出问题吗？
方舟子：要挑的话看按什么标准，她主要是引用的问题。她那篇论文后面也有80篇文献出处，引用别人的东西，摘录下来就不做改写了。按现在的标准这是不妥的，但是在十年前是没有这些要求的。
记者：您在学术打假这方面的经验，实际上你已经具备了比较灵活地去运用这个标准的能力，也就是说在应用到不同人身上的时候这个尺度是会有一些差别的。
方舟子：是会有，所以他们一直说我选择性打假，本来就是应该选择性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我只是业余的在做，义务地在做。首先我不认为老婆的假值得打，类似的什么没发表的硕士学位论文，这个我们从来是不打的，即使是说真的是假的话，那么我也有回避的权利。
被骂过，被威胁过，甚至被锤子砸过，方舟子仍蹲守在最初给自己划下的圆里。对于敏感的经济问题，他的回答底气十足。
方舟子：可以说的是，如果说像传说中的我买了一幢400万人民币的房子，按我的收入的话这是很正常的做法，400万元人民币的房产在美国那是很普通的。我不知道为什么他们觉得这件事是大不了的，觉得我应该是个穷人。我稿酬那么高，书销量那么好，版税也不低，我现在可能是全中国销量最大的一个科普作家。
三十年前的方舟子曾是家乡的高考语文单科第一名。在他已弃用的新浪微博签名中，仍然是他的诗，"请传递这一把火直到百年之后我所有绝望的嘶叫凝固"。他不喜欢"偏执"这个词儿，但他又与别人有着太多不同。
记者：如果让此刻的方舟子去挑十年前、二十年前方舟子的刺儿，能挑出来吗？
方舟子：挑不大出来，挑不出来的，不要说我本人挑不出来，他们那些反对我的人，他们去挑我的论文也没挑出来啊。
记者：论文之外呢？您是一个不犯错误的人吗您觉得？
方舟子：犯错误当然肯定会犯，也会被发现错误，一发现错误赶快就更正。
方舟子说，少年时，自己最喜欢的诗句是杜甫的"两个黄鹂鸣翠柳，一行白鹭上青天"，天朗气清，山高水长。而此刻他的生活，远没有诗的闲适。
