国家公园由具备资源管理职责的部门实施管理，是世界各国通行的做法。该《条例》明确规定：一是省人民政府林业行政主管部门负责全省国家公园的管理和监督；二是其他有关部门按照各自职责做好相关工作；三是国家公园所在地的州（市）人民政府应当明确管理机构具体负责国家公园的管理，管理机构接受本级人民政府林业行政主管部门的业务指导和监督，并履行有关职责。
目前，云南省现有的各类保护地绝大部分以森林及湿地资源类型为主要依托，所以保护地之间存在一定的交叉重叠。在长期的保护地管理中，各类保护地主管部门分别按照各自职责，依据相应的法律法规实施管理，形成了有序的管理与协作关系。为了与现行法律、法规相衔接，《条例》明确规定国家公园规划应当与其他法定规划相衔接。
明确规定经营特许制度
国家公园属于公共资源管理的范畴，为有效保护和永续利用自然资源、人文资源，根据国际通行的做法，《条例》明确规定了对国家公园经营服务项目实行特许制度。这样既可以引入符合条件的经营者，为公众提供专业化、高质量的服务，还可以拓宽建设资金和生态保护资金的筹集渠道。
据云南省林业厅副厅长夏留常认为，作为主要的指导和监督主体，各级林业部门要切实履行《条例》赋予的职责，依法开展国家公园的规划、建设、保护、管理等各项工作，建立国家公园管理评估机制和监管制度，探索特许经营、社区扶持、共享发展、生态预警等机制，依法处理国家公园建设管理过程中的矛盾和问题，依法打击破坏国家公园资源违法行为。还要全面提升国家公园建设和管理水平，有效发挥国家公园保护、科研、教育、游憩和社区发展等功能，促进资源保护、经济发展、脱贫致富、社会进步。
据悉，早在2006年，云南省就探索建立了中国大陆第一个国家公园——普达措。2008年6月，国家林业局批准云南省为国家公园建设试点省。到如今，全省已建立迪庆普达措和梅里雪山、丽江老君山、西双版纳热带雨林、普洱太阳河、保山高黎贡山、临沧南滚河、红河大围山共8个国家公园，每年实现森林生态服务功能价值达797.3亿元。
