作为多层次资本市场建设的重要一环，新三板分层制度终于问世，按各种各样的标准筛选，最终可能会有近千家公司进入创新层。那么，当这个分层制度尘埃落定之后，将会怎样影响A股的各个板块呢？
我们可以看看目前新三板分层以后的交易制度情况，新增了一个私募可以成为做市商，但交易仍采用撮合交易而非即时竞价交易，且500万的投资门槛并没有降低，且分层以后的转板制度也没有任何新说法。因此，可以断定，新三板的分层，只是完善多层次资本市场建设的第一步，是一次大规模的优胜劣汰，有近千家企业进入创新层，也意味着有6000多家企业进入基础层，而这些进入基础层的公司，将面临更加尴尬和艰难的境地。
在交易制度与限制不变的情况下，近千家公司进入创新层，会不会对目前A股的主板、中小板和创业板市场产生冲击。个人认为，冲击肯定是有的，但具体影响各有不同。
首先是主板，理论上看是利好大于利空。怎么来理解这个问题呢？新三板再怎么分层，即便是以后推出转板制度，对沪深主板的冲击都不会太大，一是因为目前主板指数和公司股价本身基数就很低，主流资金不会眷念新三板，因为那里对手盘稀缺，做市商不是那么好当的，很多会当成长期股东；二是因为新三板分层以后反而对一些有子公司在新三板挂牌的公司构成潜在利好，无论是公允价值还是变现的利润贡献，都是好事。因此，新三板分层对主板的冲击可以忽略不计。
其次，对创业板冲击很大，特别是有可比公司的高估值标的。有机构估算，能进入创新层的公司，整体估值是26倍左右的市盈率，而目前创业板的整体估值是68倍左右的市盈率，差距巨大。且一旦分层成功，在新三板创新层的公司行业属性与创业板基本相似，有的公司还非常袖珍，符合中国股市小盘新兴概念必热炒的特征。还有一个最大的因素，就是新三板分层不是简单的分层，而是为以后转板做准备，转板怎么转？第一时间就是转创业板。有这层对接关系，两个市场的估值就不会差距太大，未来要么是创业板整体估值下移，要么是创新层整体估值上移，相信未来这两个移动都会相对而行，最终达到一个平衡。目前新三板创新层的劣势在于流动性，在于交易制度和门槛标准，这也是创业板尚能苟延残喘的机会。
第三，对中小板的影响不大，会激发新一轮资产重组的浪潮。前面说了，中小板处于主板与创业板的夹层，新三板分层的影响按递进关系看要影响到中小板也是很久以后的事情，即创业板影响告一段落以后。此外，分层制度的落定，会对整个PE市场带来一定的挤出效应，即那6000多家基础层的企业和众多想登陆资本市场的企业，要想有新的出路和快速与资本市场联姻，必须寻找其它渠道，这里面就有借壳上市资产重组的新需求。创业板是不能借壳上市的，且整体估值要受新三板创新层牵制，主板公司不仅潜在问题多审批流程复杂且整个市场死气沉沉，现在唯独中小板面临弯道超车的机会。
