疑问三
参测曹姓人的家谱是否靠谱？
课题组专家对全国各地258个曹姓家谱做了全面的梳理研究，并与史书和地方志参照，试图找到曹氏迁徙的可能线索，经过这一步骤的研究，课题组筛选出8支持有家谱。经过史料分析具有一定可信性的曹氏族群，对他们的DNA进行检测。经过复杂的Y染色体DNA全序列检测，最终发现其中6个家族属于O2*-M268的基因类型，这6支O2*-M268的基因类型样本的祖先交汇点在1800年至2000年前，这正是曹操生活的年代。
“这也太不科学了，反推的方法理论上只能证明这6个曹姓家族来自同一群体。”有网友如此质疑：如何证明这些群体的先人就是曹操？还有网友称，家族在漫长的时期里可能会有抱养、入赘等各种情况，如何保证家谱的可靠性？
李辉教授告诉北青报记者，从现代曹姓后人反推出共同的基因类型后，还有曹操爷爷辈的古DNA来进一步验证——从安徽亳州曹操宗族墓“元宝坑一号墓”中发掘出的两颗牙齿的DNA与反推的现代曹姓后人的基因吻合。
这些后人有没有可能是曹操叔祖父那一支的后人呢？
“只能说想象力太丰富了，有可能，”李辉教授反问，“曹操叔祖父的后人在家谱上都称是曹操的后代，这种情况又怎么解释呢？”李辉曾表示，这几个家庭假冒的巧合概率是千万分之三，因此从法医学上可以认定他们是曹操后代。
疑问四
古DNA的样本会不会受到污染？
有消息称，基因也会受到污染，“元宝坑一号墓”中的两颗牙齿做DNA比照是否可靠？
课题组成员之一的王传超称，能进入曹氏宗族墓的都是曹操家族有身份有地位的近亲，墓坑主人为曹操叔祖父的消息已经得到考古和历史学界确认。课题组拿到了一颗牙齿，凿洞取骨粉进行DNA检测，牙齿外面的牙釉层可以保护牙齿，里面的DNA质量还是可以的，牙齿作为样本在古DNA研究中是很有说服力的。
李辉此前曾称，检测选取的Y染色体从父遗传且突变率极低，祖先的突变信息会在后代基因中保留下来，所以可通过古DNA做鉴定。
疑问一
研究曹操DNA花了多少钱？
回应：课题组专家李辉告诉北青报记者，对曹操家族DNA研究并没有立项，花费也不太大。
