医保的管理和服务方面也将继续改革：
深化医保支付制度改革，推动建立医保经办机构与医疗机构、药品供应商的谈判机制和购买服务的付费机制，建立健全考核评估和质量监督体系，防止简单分解额度指标的做法，防止分解医疗服务、推诿病人、降低服务质量；
统一规划，推进基本医疗保险标准化和信息系统建设。选择在部分省份试点，探索建立跨省异地就医即时结算机制；
继续鼓励以政府购买服务的方式，委托具有资质的商业保险机构经办医疗保障管理服务。目前全国已有多个地区开展商业保险机构经办基本医保的试点；
整合职工医保、城镇居民医保和新农合的管理职责，做好整合期间工作衔接，确保制度平稳运行。“三保”管理职责整合，究竟放哪个部门，此前已多番讨论。而前段时间公布的卫生计生委三定方案也没有给出答案，该部委三定方案提出，负责协调推进医药卫生体制改革和医疗保障。目前，新农合管理职责仍在卫生计生委。
国务院医改专家咨询委员会委员、中国科学院院士、北京协和医学院校长曾益新认为，这几年医保的投入逐年增加，地方政府财政中投放到医疗(包括保险和医院建设等方面)的资金所占财政支出的比重大大提高，有的地方政府甚至尝试利用政府财政来推行全民免费医疗。这是巨大的进步。
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