另外，有关部门在实际操作方面对转基因食品的监管也存在难度。天津农科院转基因生物产品成分监督检验测试中心副所长王永介绍，转基因食品可通过分子生物学手段检测出来，但检测费用很高，以玉米检测为例，检测一个玉米样本至少要1500元。消费者如果想知道一种食品是否含有转基因成分，“代价会非常高”。
谁来维护我的知情权？
多位受访专家表示，转基因不仅仅是单纯的一项技术，其影响已经扩展到政治、经济和社会生活领域，宜尽快完善转基因食品标识制度，保障群众对转基因食品的消费知情权。
南开大学张翔博士认为，消费者对于食品拥有知情权，坚持并完善转基因食品标识制度至关重要，转基因食品的推广和销售要建立在充分的信息公开和群众同意的基础上。
在制度设计上，宋华琳认为应通过修订《食品安全法》对转基因食品的管理加以规定。可考虑利用食品安全风险评估委员会机制，对转基因食品安全进行风险评估。一旦得出某些转基因食品不安全的结论，国务院质量监督、工商行政管理和国家食品药品监督管理部门应当依据各自职责立即采取相应措施，确保该转基因食品停止生产经营，并告知消费者停止食用。卫生部应尽快制定转基因食品安全的国家标准，填补对转基因食品的监管“盲点”。
天津科技大学食品专家王芳则提出了更加具体的建议，“转基因作物在推广前应对基因来源、操作方法和应用环境进行严格控制。经过长时间动物实验的严格检测后方可推广。”同时需要向公众普及有关转基因、转基因作物、转基因生物安全等方面的知识。“建议对转基因食品贴上标签，但用少量转基因配料的食品、为治疗病人的转基因食品，则不需要标志转基因身份。”
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