重大障碍：城乡二元制度
课题组认为，农民工市民化首要障碍是城乡二元制度。我国以户籍制度、城乡差别劳动就业和福利保障制度为主要内容的城乡二元制度，使得已经离乡、离土、进城的农民工，无法成为城市的真正居民。
近年来，户籍制度改革虽有所突破，但大中城市尤其是京沪广等大城市的户口放开有限。
这意味着，农民进入城市从事新职业，却很难改变原有的农民身份，在社会中形成了有别于农民和城市居民的第三类群体，在城市内部又形成新的城市二元结构，包括居住社区上的二元结构、享受公共资源和公共权利上的二元结构、就业上的二元结构。
其次，劳动权益受损，抑制了农民工市民化的意愿。目前仍有不少农民工未签订劳动合同，农民工劳动条件普遍较差，工资水平明显偏低。
第三，公共服务不足，减缓农民工融入城市的进程。目前，大部分地区未对农民工住房问题提出一个系统性、长期性、可操作的政策框架，公租房、廉租房、经济适用房等保障性住房基本上不对外来农民工开放。义务教育阶段以公办教育为主，接收农民工子女就学的格局基本形成，但地区不平衡，农民工子女学前教育和异地高考问题突出。
第四，产业结构与就业结构有偏差，加大农民工市民化的难度。
国际经验表明，现代化过程总是伴随着农业份额的大幅度下降和城市化的推进。而在我国，城市化滞后于工业化进程。这种结构的偏差，很大程度反映在农民工身上。近1.6亿的外出农民工在城镇的二、三产业就业并创造GDP，却因种种障碍，无法完成市民化真正成为市民。
首要任务：公共服务均等
课题主持人、人社部劳科所所长郑东亮认为，农民工市民化，既要在数量上实现相当部分农民工身份、工作的转化，更要在质量上实现工作方式、生活方式、社会交往、价值观念等与城市居民的融合。
他表示，农民工市民化的目标可以定位于，在未来20年，以平均每年800万人的规模增长，到2030年完成市民化的第一阶段转换，即身份、工作、公共服务的市民待遇；第二阶段则是更长时间的农民工与城市居民融合、与城市文化生活融合。
