有专家表示，《网络发票管理办法》的出台施行，主要目的是为“对电商征税”做准备，但征税对象主要是像B2C商城这样的电商公司，或者平台入驻公司，因为公司本身就应该缴纳税收，而对于个人网店，暂时不会征税。电商分析师李成东也认同这种观点。
李成东：电子商务刚刚在试运行，目前没看到细则出来，传统的正规企业从税费覆盖面来讲，并不适合所有网购商户，像京东、苏宁都会交税，但是淘宝都是个人卖家，都是成本价，所以基本不怎么交税。
李成东同时还表示，京东淘宝缴税，小商户不用交税，这很不公平，但一旦让大家都缴税，对小商户的冲击就太大了。
李成东：美国在推行整个征税试点，公平竞争嘛，线上渠道也要公平竞争，京东户民都交税，淘宝商务不交税，相对来讲不公平。
要推广网络发票，税务总局还必须解决一些技术问题。比如建立强大的数据库、防止黑客攻击、加大推广和监管力度、防止电商偷税漏税。电子商务专家鲁振旺表示，从技术上，税务部门可以实现与所有买家店铺数据对接。
鲁振旺：在技术上是可以实现的，因为原来这种方式都要发票管理、统计，都是在网上进行的，网店也好、B2C也好，在这个系统里面有一个独立账户就可以操作了，而且都是自动进行税务统计的。
此外，鲁振旺还表示，网络发票的推广是大势所趋，但是否对应该对那些小网店征税，确实还需要商榷。
鲁振旺：现在B2C对发票的要求，需要一个细则出来，比如个人网店是不是要征税，这里面有很多可以考虑的地方，比如对于经营本地业务的店铺免税。
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